Misiunea UEFISCDI constă în asigurarea suportului administrativ și logistic al activității consiliilor consultative ale MECTS cu atribuții în domeniul învățământului superior, cercetării științifice, dezvoltării și inovării, precum și în desfășurarea altor activități privind implementarea în sistem descentralizat a proiectelor și programelor MECTS și ANCS privind învățământul superior, cercetarea, dezvoltarea și inovarea, cu respectarea prevederilor legale referitoare la conflictele de interese și la transparența administrativă, decizională și a informațiilor de interes public.
Pentru asigurarea suportului administrativ și logistic al activității executive a CNFIS, CNCS, CNDI, CNATDCU, Consiliului Național de Statistică și Prognoză a Învățământului Superior, denumit în continuare CNSPIS, și a Consiliului Național al Bibliotecilor Universitare, denumit în continuare CNBU, UEFISCDI are următoarele atribuții:
1. administrează și gestionează resursele destinate activităților consiliilor, în condițiile legii și în conformitate cu deciziile fiecărui consiliu;
2. asigură secretariatul tehnic al consiliilor;
3. asigură buna desfășurare a activității curente a consiliilor în relațiile cu MECTS, cu ANCS, cu instituțiile de cercetare, dezvoltare, inovare, de învățământ superior și cu alte organizații și instituții publice sau private.
UEFISCDI conduce, sub coordonarea științifică a CNCS, CNDI și CCCDI, programe din cadrul Planului Național pentru Cercetare, Dezvoltare și Inovare II și alte programe de finanțare a cercetării, dezvoltării și inovării aprobate de către ANCS. Pentru aceste activități, UEFISCDI are următoarele atribuții:
1. asigură consiliului coordonator al programului sprijinul tehnic necesar elaborării propunerilor de pachete de informații pentru program și pentru subprogramele acestuia, în vederea aprobării de către ANCS;
2. asigură condițiile materiale și financiare necesare organizării competițiilor de finanțare a proiectelor și organizează competițiile, pe baza contractului instituțional încheiat cu ANCS;
3. asistă consiliul coordonator al programului în evaluarea și monitorizarea proiectelor, asigurând și realizând procesele operative necesare, conform legislației în vigoare, pachetelor de informații aprobate și procedurilor stabilite de consiliul coordonator al programului, sub supravegherea și controlul acestui consiliu, pe baza contractului instituțional încheiat cu ANCS;
4. întocmește documentațiile pentru alocarea resurselor financiare destinate proiectelor finanțate și contractează și finanțează proiectele selectate, pe baza contractului instituțional de conducere de programe încheiat cu ANCS și conform legislației în vigoare.
UEFISCDI poate desfășura și următoarele activități:
1. conducerea în sistem descentralizat și/sau implementarea unor proiecte de dezvoltare instituțională și de sistem, referitoare la învățământul superior, cercetare, dezvoltare sau inovare, cu finanțare națională sau internațională, cu avizul MECTS sau al ANCS;
2. oferirea de consultanță și asistență tehnică pentru elaborarea și conducerea de proiecte în cadrul programelor interne și internaționale de cercetare științifică, dezvoltare tehnologică și stimulare a inovării;
3. gestionarea resurselor financiare contractate prin programele de profil, naționale și internaționale, pe care le conduce sau implementează, pe baza contractului instituțional încheiat cu ANCS sau a contractului încheiat cu o altă autoritate contractantă;
4. pregătirea și perfecționarea resurselor umane în domenii de conducere și execuție a proiectelor, prin organizarea de sesiuni de pregătire și de formare continuă;
5. diseminarea la nivel național și internațional a informațiilor cu privire la programele pe care le conduce sau implementează;
6. oferirea de consultanță în găsirea de parteneri și formarea de parteneriate pentru proiecte în cadrul programelor internaționale de cercetare, dezvoltare și inovare;
7. organizarea de manifestări științifice sau tehnice, editare-multiplicare, publicitate, precum și alte servicii în corelare cu obiectul său de activitate;
8. promovarea transferului tehnologic și a inovării în vederea sporirii competitivității economiei românești, în conformitate cu strategiile și politicile naționale elaborate de autoritățile publice de resort;
9. colaborarea cu alte instituții publice sau private, interne sau internaționale, inclusiv cu organizații profesionale, în vederea îndeplinirii obiectului său de activitate;
10. dezvoltarea și implementarea proiectelor cu finanțare națională și internațională, inclusiv strategice, pentru învățământul superior, cercetare, dezvoltare și inovare. Pentru implementarea acestor proiecte se vor stabili comitete de coordonare naționale și internaționale. Coordonarea generală a proiectelor va fi realizată de către directorul general al UEFISCDI sau de o altă persoană desemnată de ministrul educației, cercetării, tineretului și sportului și are ca scop monitorizarea procesului de asigurare a calității în implementarea proiectelor, corelarea între proiecte, asigurarea sustenabilității și continuității instituționale ale acestora;
11. alte activități stabilite de către MECTS sau ANCS ori prevăzute de legislația în vigoare.