În exercitarea funcțiilor sale, Agenția are, în condițiile legii, următoarele atribuții principale:
a) organizează și efectuează inspecția de stat în zootehnie;
a^1) îndeplinește atribuțiile de autoritate competentă, în conformitate cu prevederile Regulamentului (UE) 2016/1012 al Parlamentului European și al Consiliului din 8 iunie 2016 privind condițiile zootehnice și genealogice aplicabile ameliorării animalelor de reproducție de rasă pură, a porcilor de reproducție hibrizi și a materialului germinativ provenit de la acestea, comerțului cu acestea și introducerii lor în Uniune și de modificare a Regulamentului (UE) nr. 652/2014 și a directivelor 89/608/CEE și 90/425/CEE ale Consiliului, precum și de abrogare a anumitor acte în sectorul ameliorării animalelor («Regulamentul privind ameliorarea animalelor»);
b) coordonează și îndrumă tehnic la nivel național exploatarea, ameliorarea și reproducția animalelor, conservarea și managementul durabil al resurselor genetice la animale și alte specii de interes zooeconomic;
c) controlează implementarea amenajamentelor pastorale conform legislației în vigoare, efectuează controale la producătorii și prim-cumpărătorii de lapte;
d) efectuează analize, teste și expertize în laboratoarele proprii pentru certificarea datelor din domeniul de activitate;
e) propune Ministerului Agriculturii și Dezvoltării Rurale proiecte de acte normative pentru transpunerea legislației comunitare în legislația națională pentru domeniul său de activitate, elaborează norme tehnice și metodologice, proceduri de lucru în vederea îndeplinirii atribuțiilor specifice;
f) coordonează și îndrumă tehnic organizarea și desfășurarea activității de informatizare și computerizare a rețelei naționale de zootehnie, administrează bazele de date naționale din domeniul său de activitate;
g) coordonează activitatea de identificare și înregistrare a ecvideelor, organizează și efectuează activitatea de identificare și înregistrare a cabalinelor de rasă, acordă numărul unic UELN (Universal Equine Life Number), emite și eliberează pașapoartele pentru toate ecvideele;
h) efectuează un program de ameliorare pentru o anumită rasă, dacă nu există nicio societate de ameliorare care desfășoară un program de ameliorare cu animalele de reproducție de rasă pură din rasa respectivă, potrivit prevederilor Regulamentului (UE) 2016/1012 al Parlamentului European și al Consiliului;
h^1) stabilește, prin decizie a directorului general, reprezentanții Agenției din componența Comisiei Naționale de Clasare și Evaluare a Cabalinelor de Rasă;
i) asigură păstrarea diversității genetice a animalelor domestice in situ, respectiv în ecosistemul lor natural, prin programe de conservare, și ex situ în cadrul Băncii naționale de gene pentru animale și în Centrul național de recoltare, examinare, prelucrare, stocare, însămânțare artificială și biotehnologii de reproducție la specia cabaline;
j) elaborează, redactează și tipărește, cu personal propriu sau prin colaborare, Stud Book-ul la rasele de cabaline pentru care Agenția derulează programe de ameliorare, publicații tehnice de specialitate și alte tipărituri și publicații în domeniul de activitate al Agenției, în conformitate cu legislația în vigoare și cu fondurile bugetare alocate;
k) asigură informarea fermierilor și a potențialilor beneficiari de programe asupra bunelor practici în zootehnie și expertiza de specialitate pentru implementare;
l) desfășoară activități delegate de la agențiile de plăți acreditate ale Ministerului Agriculturii și Dezvoltării Rurale.