Principalele atribuții ale DM sunt următoarele:
a) aplică Strategia națională de sănătate și reglementările interne ale MAI în domeniul asigurării sănătății personalului asistat, asigură o concepție și o strategie unitară de sănătate;
b) coordonează, organizează și asigură asistența medicală pentru cadrele MAI și celelalte categorii de asigurați, prin rețeaua sanitară proprie, având ca principal scop consolidarea stării de sănătate a efectivelor, în vederea îndeplinirii misiunilor încredințate;
c) organizează, coordonează și controlează aplicarea măsurilor stabilite în domeniul specific de activitate;
d) organizează, coordonează și controlează toate activitățile în domeniul sănătății publice desfășurate prin unitățile subordonate și în toate unitățile MAI;
e) elaborează și promovează proiecte de acte normative privind activitatea sanitară din rețeaua MAI;
f) evaluează anual sau ori de câte ori este nevoie, pe baza rapoartelor statistice medicale, starea de sănătate a efectivelor MAI, factorii de risc specifici care o influențează și stabilește măsurile ce se impun pentru rezolvarea corespunzătoare a situațiilor semnalate;
g) implementează programe de sănătate menite să reducă morbiditatea, mortalitatea și incapacitatea temporară de muncă a personalului;
h) coordonează întreaga activitate de profil a comisiilor de expertiză medico-militară de pe lângă Spitalul de Urgență „Prof. dr. Dimitrie Gerota“ București și Spitalul Clinic „Avram Iancu“ Oradea, analizează propunerile privind aptitudinea medicală și încadrarea în grade de invaliditate făcute de către comisiile de expertiză medico-militară de pe lângă spitalele din sistemul de apărare, ordine publică, securitate națională și al autorității judecătorești;
i) stabilește situația medico-militară a personalului activ sau în rezervă, prin Comisia centrală de expertiză medico-militară a MAI;
j) propune măsuri de recuperare medicală a personalului MAI în instituțiile proprii de profil și/sau ale MS;
k) selecționează și gestionează resursele umane proprii, urmărește asigurarea pregătirii continue și de specialitate, securitatea și sănătatea în muncă a personalului, asigurarea acordării drepturilor de personal;
l) coordonează și organizează managementul serviciilor de sănătate ocupațională și colaborează cu alte structuri la elaborarea măsurilor necesare în vederea implementării programelor proprii de sănătate ocupațională în MAI;
m) supraveghează cazurile în care au fost identificate boli transmisibile din MAI, intervenind, după caz, în focarele de boli infecțioase semnalate;
n) organizează, coordonează, îndrumă și monitorizează întreaga activitate sanitar-veterinară desfășurată de către medicii veterinari oficiali din rețeaua MAI pe linia siguranței alimentelor și a sănătății animalelor de serviciu din dotarea MAI, precum și activitatea sanitar-veterinară și pentru siguranța alimentelor ce se desfășoară în toate unitățile MAI deținătoare de animale de serviciu sau cele care achiziționează, depozitează, procesează și comercializează produse alimentare de origine animală și nonanimală;
o) coordonează, monitorizează și îndrumă întreaga activitate de inspecție sanitară și sanitar-veterinară desfășurată de către medicii inspectori de stat și medicii veterinari oficiali din rețeaua MAI, în toate unitățile MAI supuse autorizării/înregistrării și controlului sanitar, sanitar-veterinar și pentru siguranța alimentelor, precum și în toate unitățile deținătoare de animale de serviciu;
p) avizează și autorizează sanitar și sanitar-veterinar toate obiectivele MAI și avizează retragerea autorizației sanitare de funcționare pentru obiectivele în care se constată încălcarea legislației sanitare și sanitar-veterinare;
q) adaptează și implementează prevederile specifice legislației în domeniul sanitar-veterinar, al siguranței alimentelor și inspecției sanitar-veterinare la particularitățile MAI, elaborând proiecte de ordine ale ministrului afacerilor interne și dispoziții ale directorului DM;
r) analizează și soluționează cererile, sesizările și rapoartele adresate diferitelor eșaloane cu problematică medico-sanitară;
s) aplică programele și strategiile în domeniul legislației sanitar-veterinare, verifică respectarea prevederilor legislației sanitar-veterinare în vigoare în toate unitățile MAI, privind supravegherea, profilaxia și combaterea bolilor la animale, prevenirea transmiterii de boli de la animale la om și protecția mediului, precum și salubritatea și igiena produselor alimentare de origine animală;
t) elaborează strategia de dotare cu aparatură medicală a unităților din rețeaua sanitară proprie a MAI;
u) colaborează cu colegiile medicilor, farmaciștilor și medicilor veterinari din România, prin reprezentanții săi în structurile centrale de conducere ale acestor organizații profesionale, în condițiile legii;
v) promovează și susține interesele MAI și ale asistaților proprii, prin personalul care face parte din Consiliul de administrație al Casei Asigurărilor de Sănătate a Apărării, Ordinii Publice, Siguranței Naționale și Autorității Judecătorești, denumită în continuare CASAOPSNAJ, și din Ordinul Asistenților Medicali Generaliști, Moașelor și Asistenților Medicali din România;
w) ia măsuri, pe linia asigurării medicale la mobilizare sau în situații deosebite, de achiziționare, depozitare și împrospătare, în funcție de fondurile bugetare alocate, a unui stoc cu aparatură, instrumentar, medicamente, produse biologice, biocide și materiale consumabile de uz medical, în colaborare cu Direcția generală management operațional și celelalte structuri ale MAI cu atribuții la mobilizare sau în situații deosebite;
x) pune în aplicare și verifică, prin structura de securitate, respectarea la nivelul DM a prevederilor legale în domeniul gestionării informațiilor clasificate;
y) execută, potrivit competențelor, activități de control, sprijin și îndrumare la unitățile medicale subordonate, potrivit planului propriu stabilit sau la ordinul conducerii MAI, în colaborare cu alte structuri de specialitate, în unitățile nominalizate;
z) desfășoară activități de implementare a standardelor de control intern managerial și dezvoltare a sistemului de control intern managerial, conform reglementărilor stabilite la nivelul MAI;
aa) analizează, la nevoie și conform competențelor, profilul, structura și normele de organizare și funcționare ale unităților sanitare din cadrul MAI.