Agenția Națională Fitosanitară are următoarele atribuții:
1. organizarea activității de protecție a plantelor și de carantină fitosanitară pe întregul teritoriu al țării după o concepție unitară, care să asigure sănătatea plantelor cultivate, a pădurilor, pășunilor și fânețelor naturale și a altor forme de vegetație utilă și a produselor agricole depozitate;
2. coordonarea, îndrumarea tehnică și controlul activității în domeniul fitosanitar și al omologării și utilizării produselor de uz fitosanitar;
3. stabilirea normelor fitosanitare, unice și obligatorii pentru toate persoanele fizice sau juridice deținătoare de culturi agricole și alte forme de vegetație utilă, precum și pentru cei care depozitează, transportă și valorifică plante și produse vegetale;
4. elaborarea strategiei fitosanitare privind apărarea sănătății plantelor, prevenirea introducerii și diseminării pe teritoriul țării a organismelor de carantină și în domeniul produselor de uz fitosanitar, în concordanță cu normele Uniunii Europene, urmărind implementarea acesteia;
5. elaborarea proiectelor de lege, a hotărârilor, a ordinelor și a altor acte normative care privesc activitatea de protecție a plantelor și carantină fitosanitară și regimul produselor de uz fitosanitar, armonizată cu directivele Uniunii Europene, în scopul îmbunătățirii și perfecționării legislației naționale, organizării, dotării și funcționării serviciilor naționale fitosanitare;
6. elaborarea sau, după caz, reactualizarea regulamentului de organizare și funcționare a unităților fitosanitare județene, respectiv a municipiului București, precum și a altor regulamente care privesc activitatea de protecție a plantelor, carantină fitosanitară și produsele de uz fitosanitar;
7. controlul aplicării și respectării tuturor dispozițiilor legale, normelor tehnice în domeniul fitosanitar și al produselor de uz fitosanitar;
8. organizarea și urmărirea asigurării dotării tehnice și materiale a unităților fitosanitare județene, respectiv a municipiului București, Laboratorului Central pentru Carantină Fitosanitară, Laboratorului Central pentru Controlul Reziduurilor de Pesticide din Plante și Produse Vegetale și a inspectoratelor de control fitosanitar vamal;
9. organizarea unui sistem informațional unic pentru monitorizarea plantelor vegetale și produselor vegetale care se exportă, se importă sau tranzitează România;
10. stabilirea necesarului de personal și elaborarea, în condițiile legii și ale normativelor în vigoare, a criteriilor tehnice privind încadrarea și asigurarea personalului de specialitate pentru unitățile fitosanitare județene, respectiv a municipiului București, Laboratorul Central pentru Carantină Fitosanitară, Laboratorul Central pentru Controlul Reziduurilor de Pesticide din Plante și Produse Vegetale și pentru inspectoratele de control fitosanitar vamal;
11. promovarea, implementarea și menținerea sistemului de asigurare a calității în concordanță cu normele în vigoare pentru toate unitățile aflate în coordonare tehnică;
12. coordonarea tuturor activităților privind evaluarea dosarelor produselor de uz fitosanitar în vederea omologării;
14. asigurarea controlului oficial al reziduurilor de pesticide din plante și produse vegetale, în cadrul siguranței alimentare, prin Laboratorul Central pentru Controlul Reziduurilor de Pesticide din Plante și Produse Vegetale;
15. asigurarea coordonării eliberării pașaportului fitosanitar, înregistrării producătorilor, importatorilor, centrelor de expediere și depozitelor colective de plante și produse vegetale, gestionarea filierelor de risc pe sectoare de producție;
16. gestionarea apariției organismelor de carantină;
17. asigurarea controlului postomologare al calității produselor pentru protecția plantelor prin laboratoarele specializate și controlul utilizării acestor produse prin unitățile fitosanitare;
18. asigurarea instruirii personalului de specialitate de la nivel teritorial și vamal;
19. organizarea sistemului național de omologare a produselor de uz fitosanitar, conform standardelor Uniunii Europene, și participă la elaborarea periodică a Codexului produselor pentru protecția plantelor omologate pentru a fi utilizate în România;
20. organizarea la nivel național a poliției fitosanitare;
21. participarea la organizarea concursurilor pentru obținerea gradelor profesionale;
22. abilitarea agenților economici pentru importul mostrelor de produse de uz fitosanitar, în condițiile legii;
23. fundamentarea și elaborarea de propuneri, anual, privind necesarul de fonduri pentru acțiunile de protecție a plantelor și carantină fitosanitară finanțate de la bugetul de stat;
24. reprezentarea României la următoarele organisme internaționale: Organizația Europeană și Mediteraneeană de Protecția Plantelor, Organizația pentru Alimentație și Agricultură, Organizația Mondială a Sănătății, Uniunea Internațională pentru Chimie Pură și Aplicată, Unitatea pentru Asistență Tehnică și Schimb de Informații, Comisia Europeană pentru Prezervare și Acces, Autoritatea Europeană pentru siguranța Alimentară și Organizația Europeană pentru Coordonarea Pesticidelor și altele asemenea;
25. colaborarea cu universitățile de profil, Societatea Națională pentru Protecția Plantelor și Academia de Științe Agricole și Silvice, în elaborarea strategiilor de protecție a plantelor;
26. stabilirea și organizarea de întâlniri și vizite reciproce cu autoritățile fitosanitare și organizațiile profesionale din alte țări;
27. asigurarea relației cu Comisia Uniunii Europene;
28. asigurarea relației cu asociațiile profesionale;
29. organizarea de consfătuiri, simpozioane, instruiri și dezbateri pe teme profesionale;
30. inițierea, elaborarea și urmărirea implementării următoarelor proiecte: instrumente de preaderare finanțate de Uniunea Europeană pentru a sprijini țările candidate din Europa Centrală și de Est în vederea aderării la Uniunea Europeană (PHARE), Organizația pentru Alimentație și Agricultură (FAO), Programul Special de Preaderare pentru Agricultură și Dezvoltare Rurală (SAPARD), Banca Mondială, în domeniul fitosanitar;
31. coordonarea și asigurarea funcționării programelor informatice din domeniul fitosanitar: FITOEXPERT, PESTEXPERT și SINPP.
32. asigurarea colaborării dintre unitățile fitosanitare județene și a municipiului București și direcțiile județene pentru agricultură și dezvoltare rurală și a municipiului București.