Comisia are următoarele atribuții principale:
a) preia, în termen de un an de la data intrării în vigoare a Planului de acțiune și apoi periodic la 4 ani, de la autoritatea publică centrală din domeniul apelor cadastrul apelor afectate de poluarea cu nitrati și al apelor susceptibile să fie poluate cu nitrati, întocmit conform art. 3 alin. (1) din Planul de acțiune;
(la 17-08-2018, sintagma: Ministerul Apelor și Protecției Mediului a fost înlocuită de Punctul 2, Articolul I din ORDINUL nr. 785 din 27 iulie 2018, publicat în MONITORUL OFICIAL nr. 714 din 17 august 2018 )
b) preia, în termen de 2 ani de la data intrării în vigoare a Planului de acțiune și apoi periodic la 4 ani, de la autoritatea publică centrală din domeniul apelor și de la autoritatea publică centrală din domeniul agriculturii lista cuprinzând zonele vulnerabile desemnate conform art. 3 alin. (2) din Planul de acțiune;
(la 17-08-2018, Litera b) din Articolul 7 a fost modificată prin înlocuirea unor sintagme de Punctele 2 și 3, Articolul I din ORDINUL nr. 785 din 27 iulie 2018, publicat în MONITORUL OFICIAL nr. 714 din 17 august 2018 )
c) elaborează și avizează Codul bunelor practici agricole pentru uzul fermierilor și producătorilor agricoli, conform art. 5 alin. (1) lit. a) și alin. (2) din Planul de acțiune, care va fi reactualizat atunci când Comisia considera necesar, dar nu mai târziu de 4 ani;
d) elaborează, conform art. 5 alin. (1) lit. b) din Planul de acțiune, un program privind instruirea și informarea fermierilor și a producătorilor agricoli în scopul promovării Codului bunelor practici agricole;
e) stabilește programe de acțiune referitoare la zonele vulnerabile, conform art. 6 alin. (1)-(4) din Planul de acțiune;
f) ia măsuri suplimentare, conform art. 6 alin. (5) din Planul de acțiune, cel puțin o dată la 4 ani, în scopul implementarii programelor de acțiune;
g) propune realizarea și punerea în practica de către sistemul de supraveghere și control și de alți factori abilitați a unor programe de supraveghere și control pentru evaluarea eficientei programelor de acțiune;
h) elaborează proiectul seturilor de măsuri pentru implementarea Planului de acțiune, care va cuprinde și procedurile și instrucțiunile pentru sistemul de supraveghere și control prevăzute la art. 4 și 6 din Planul de acțiune;
i) întocmește, conform art. 8 alin. (1) din Planul de acțiune, la fiecare 4 ani, un raport pe care îl înaintează autorității publice centrale din domeniul apelor și autorității publice centrale din domeniul agriculturii și pe care îl publică;
(la 17-08-2018, Litera i) din Articolul 7 a fost modificată prin înlocuirea unor sintagme de Punctele 2 și 3, Articolul I din ORDINUL nr. 785 din 27 iulie 2018, publicat în MONITORUL OFICIAL nr. 714 din 17 august 2018 )
j) propune autorității publice centrale din domeniul apelor, autorității publice centrale din domeniul agriculturii și autorității publice centrale din domeniul sănătății elaborarea regulamentelor, metodologiilor și procedurilor necesare în vederea implementarii Planului de acțiune;
(la 17-08-2018, Litera j) din Articolul 7 a fost modificată prin înlocuirea unor sintagme de Punctele 2-4, Articolul I din ORDINUL nr. 785 din 27 iulie 2018, publicat în MONITORUL OFICIAL nr. 714 din 17 august 2018 )
k) colaborează cu ministerele și cu instituțiile implicate în realizarea Planului de acțiune, precum și cu comitetele de bazin;
l) decide asupra componentei nominale a Grupului de sprijin;
m) coordonează activitatea Grupului de sprijin;
n) dispune măsuri pentru ca toate sarcinile ce revin Grupului de sprijin să fie realizate în termenele stabilite;
o) elaborează și aproba documentele specifice interne pe care le considera necesare pentru asigurarea desfășurării activității sale în bune condiții;
p) asigura dezbateri și audieri publice asupra tuturor aspectelor referitoare la derularea și la punerea în practica a Planului de acțiune;
q) asigura informarea și accesul publicului privind acțiunile organizate, dezbaterile și audierile publice, ședințele de lucru, prevederile Codului bunelor practici agricole, documentele sale oficiale și ale Grupului de sprijin.