(1) Proiectul bugetului de venituri și cheltuieli al institutului se elaborează de către comitetul director, pe baza propunerilor fundamentate ale conducătorilor secțiilor și compartimentelor din structura institutului, în conformitate cu normele metodologice aprobate prin ordin al ministrului sănătății și cu contractele colective de muncă, și se publică pe site-ul Ministerului Sănătății în termen de 15 zile calendaristice de la aprobarea lui.
(2) Bugetul de venituri și cheltuieli al institutului se aprobă de ordonatorul de credite ierarhic superior, respectiv Ministerul Sănătății, la propunerea managerului institutului.
(3) Bugetul de venituri și cheltuieli al institutului se repartizează pe secțiile și compartimentele din structura acestuia, nivelul acestora fiind indicator al contractului de administrare.
(4) Execuția bugetului de venituri și cheltuieli se urmărește pe secții și compartimente, fiind un indicator al contractului încheiat între manager și șefii secțiilor și compartimentelor din structura institutului. Abaterile față de indicatorii din contractul cu managerul se analizează și se soluționează de către conducerea institutului, împreună cu conducerile structurilor în cauză.